Cuando preguntaban: "¿De dónde sois?... ¿a qué orden pertenecéis?

San Francisco y sus compañeros respondían: "Somos penitentes de Asís".

A estos penitentes -muy anteriores a Francisco-, se remontan los orígenes de la Orden. Su propósito era invitar a la la gente a cambiar de vida, a ser más sencillos y pacíficos.

Se unían en fraternidades, celebraban los sacramentos y su saludo era el de la Paz. 

En 1207 Francisco comenzó a vivir como un penitente y vistió su hábito gris. Durante tres años se le unieron los jóvenes con los que fue a Roma para que le reconocieran como Orden.

Aunque Francisco tomó otros derroteros, su relación con los penitentes fue siempre muy cercana. En 1221 -a la vez que los penitentes reciben del papa un estatuto que les regulaba (MEMORIALE PROPOSITI)- Francisco escribe una carta espiritual que él había usado como predicación (1ª Carta a los Fieles de 1215) rehecha con toda su experiencia (2ª Carta a los Fieles de 1221). El Memoriale Propositi determinará el futuro de las Terceras Órdenes y la 2CtaF la de los Hermanos y las Hermanas de Penitencia de san Francisco. 

Estos grupos serán reconocidos en la regla Supra Montem, de 1289, por Nicolás IV. A través de los siglos, surgirán muchos países de Europa, independientes unas de otras, como congregaciones franciscanas de la Tercera Orden de varones y de mujeres. En 1447 las fraternidades italianas de penitentes franciscanos, varones, fueron uificadas en una Orden única por el Papa Nicolás V. Los frailes situaron su casa-madre en la Basílica de los Santos Cosme y Damián, en Roma, en 1512. En España recibirán desde 1322 el nombre de Terceros; los varones e Isabeles; las mujeres.